MED-X研究院位于21号巨构二楼，下设五个研究所，分别是再生与重建医学研究所、免疫代谢性疾病研究所、肿瘤精准医疗研究所、肠道微生态研究所、数字医学研究所。总建筑面积8900多平方米，拥有普通实验室4980㎡，各类洁净实验室面积2460㎡，多媒体教室、无纸化会议室、全方位医学智慧中控室、办公区、辅助功能间等约1500平米，除此之外还拥有咖啡休息区、形象展示区等公共区域。
研究院秉承“交叉、共享、开放”原则，立足“医疗+”理念，致力于建设医工、医理交叉研究和卓越创新复合型人才培养基地，坚持创新驱动发展，瞄准“临床转化、医工交叉、国际视野”，以解决切实临床问题为出发点，依托交大顶尖工程学科和一附院优质临床医学资源，由核心技术突破引领学科发展，攻关临床难题，在先进外科技术、肿瘤精准治疗、免疫与代谢性疾病、智慧医疗等多个领域突破关键核心技术，打通“临床问题-技术转化-产品研发-临床应用”循环路径，形成多股卓越科研力量。
